Ещё в 1441 г. из состава Золотой Орды выделился Крымский улус (Крымское ханство), ставший впоследствии вассалом Османской Порты. Набеги крымских татар опустошали территории, и так обезлюдевшие вследствие монголо-татарского ига, тысячи людей уводились в рабство.

В 1484 г. турки захватили крепости на Чёрном море – Килию и Четатя Албэ (с 1503 г. – Аккерман), а в 1489 г. господарь Молдавии Штефан III признал османский сюзеренитет. С начала XVI в. Турецкая империя в отношении Молдавии заменила режим взимания дани вассалитетом.

Крымские ханы из рода Гараев из года в год вторгались в Подолию, в том числе и в Северное Приднестровье.

В 1538 г. Сулейман Великолепный в ходе операции по замене господаря Молдавского княжества для закрепления достигнутых успехов включил в состав Османской империи Тигину, повелев построить крепость с названием «Бендер», создав Бендерскую райю. В комплексе с крепостями Хотин и Аккерман Бендеры стали мощным плацдармом турецкого влияния на южных рубежах христианского мира.

Важную оборонительную роль в этих условиях начинает играть новое сословие – казачество, свободные люди, воители, стражи границы. Именно казаки играют значительную роль в отражении татарских набегов и турецкой экспансии. Первым казацким гетманом (т. е. командующим) был избран в 1506 г. староста Хмельницкий Предслав Лянцкоронский. В 1516 г. он совершил успешные походы на турецкую крепость Аккерман и на Очаков.

В формировании казачества политической основой стала Запорожская Сечь, появившаяся в середине XVI в. как казацкий городок на о. Малая Хортица на
Днепре, поставленный князем Дмитро Вишневецким – предводителем казачества в 1556 г. К концу столетия казаки селились не только на Киевщине, но и на Волыни, в Подолии и Брацлавщине.

Казацкие полки (Винницкий и Брацлавский) были расположены в том числе и на территории Северного и Центрального Приднестровья. Казаки использовались властями Речи Посполитой (объединение Польши и Литвы в 1569 г. по новой Люблинской унии), включившей украинские земли в состав Польши, в частности, Подолию и Брацлавщину.

Приднестровье становилось плацдармом походов казаков под предводительством Д. Вишневецкого (1563 г.), Ивана Свирговского (1574–1575 гг.), Ивана Подковы (1577–1578 гг.), Северина Наливайко и Григория Лободы (1594– 1596 гг.).

В начале XVII в. Приднестровские земли играли важную роль в польско-турецких войнах – Цецорской и Хотинской (1620–1621 гг.), став пограничным барьером для османской агрессии.

В ходе Освободительной войны Украины, начатой гетманом Богданом Хмельницким (1648–1654 гг.), Приднестровье неднократно переходило из рук в руки.

В 1654 г. вместе с Украиной Северное Приднестровье вошло в состав России, став территорией, на которой сошлись интересы Речи Посполитой, России, Украины и Османской империи.

По результатам русско-турецкой войны за Украину (1654–1667 гг.) в соответствии с Андрусовским миром Подолия, включая Северное Приднестровье, отошли Речи Посполитой, однако уже в 1672 г. Турция вернула себе Подолию, формально передав её гетману Петру Дорошенко. Приднестровье подпало под власть османов.

После заключения Карловицкого мира (1699 г.) Священной Лиги с Оттоманской Портой, Подолия и Брацлавщина вновь вошли в состав Польского государства.

В экономическом плане в конце XVI – начале XVII в. на Брацлавщине и в Приднестровье начинается экономический подъём. Приток беглых в Приднестровье стимулировал рост казачества и появление новых селений. К этому времени относится основание Валадки (Валя-Адынка), Белочей, Хрустово (Хрустовая), Рыбницы. Развиваются и расширяются города и местечки Приднестровья.

Казаки начинают играть важную роль в политической жизни не только Польши, но сопредельных государств – Молдавии, Турции, Крымского ханства и России. Походы казаков в Молдавию, Турцию, Крым не были единичными, что послужило поводом для напряжённости в отношениях с этими странами. Казаки трижды брали крепость Бендеры, начиная свои походы из Приднестровья и находя там отдых и поддержку.

В 1654 г. через Приднестровье в Москву путешествовал патриарх Антиохийский Макарий. Павел Алеппский, сопровождавший патриарха, записал в своём дневнике:

«…В субботу 10 июня (1654 г.), мы подъехали к берегу великой реки Нистроса (Днестра), которая составляет крайний предел страны Молдавской и начало границы земли казаков. Мы переправились через реку на судах…
…Навстречу ему вышли тысячи народа, в несметном множестве (Бог да благословит и умножит их!). То были жители города по имени Рашков. Это очень большой город, построенный на берегу упомянутой реки; он имеет крепость и деревянный форт с пушками…
…Начиная с этого города и по всей земле русских, то есть казаков, мы заметили возбудившую наше удивление прекрасную черту: все они, за исключением немногих; даже большинство их жён и дочерей, умеют читать и знают порядок церковных служб и церковные напевы; кроме того, священники обучают сирот и не оставляют их шататься по улицам невеждами…»

Турецкий путешественник Эвлия Челеби, совершающий своё путешествие с турецкой армией в 1669 г., называл Приднестровье казацкой страной.