Школа была открыта в Российской империи в селе Магала 3 ноября 1913 года.
Изначально она носила название «Молдавская начальная школа», которая в последствии стала первой ступенью молдавской средней школы города Дубоссары.
Со временем село Магала стало частью города Дубоссары. А здание школы сохранилось до сих пор, сейчас там находится БТИ (ул. Октябрьская, 52). В то время большинство населения было безграмотным. По данным 1910 года в Дубоссарах функционировало 5 начальных школ, в которых работало 15 учителей.
Из воспоминаний Нирши Полины Трофимовны — дочери одного из первых учеников школы (1928-2011 гг.):
1 сентября 1913 года, мой папа, Нирша Трофим Алексеевич в возрасте 10 лет поступил в первый класс. Он был одним из первых выпускников школы. В то время в школе все предметы преподавались на молдавском языке, кроме русского языка и литературы. Он умер во время Великой Отечественной войны.
В 1930 году молдавская начальная школа города Дубоссары была преобразована в школу-семилетку и располагалась в одном здании с русской школой, а в 1934 году получила статус средней школы. В ней продолжали своё обучение дети начальных школ из Магалы, Кочиеры, Роги, Дубово, Гояны, Лунга, Карманова и др.
В апреле 1944 года, сразу после освобождения города Дубоссары и его районов от немецко-румынской оккупации, школа возобновила свою деятельность. В ней работали 6 педагогов. Директором была Галушкина Ирина Трофимовна, учитель русского языка и литературы, заместителем директора — Лашкул Яков Михайлович, учитель математики и 4 учителя начальных классов:
Мошняга Евдокия Филиповна — 1 класс;
Койка София Степановна — 2 класс;
Боржакова Антонина Дмитриевна — 3 класс;
Поляншина Федосия Николаевна — 4 класс.
Уже в сентябре этого года учителей стало 8, среди них была одна из первых выпускниц школы Варениева Ана Емилияновна, учитель молдавского языка и литературы, которая проработала в родной школе до ухода на заслуженный отдых.
С 4 декабря 1948 года по 26 июля 1964 года школу возглавлял директор Чекир Ф.С.. В первые годы его директорства педагогический коллектив увеличился до 23 человек.
В разное время школу возглавляли: Студзинская А.А., Галушкина И.Т., Вареньев В.Ф., Чекир Ф.С., Лунгул Ф.А., Булат В.С., Нирша В.Е, Продан В.К., Белявский М.Г., Грек С.С., Балан А.К., Мошняга Г.В., Лозинский С.И., Гынку П.А., Лаур М.И..
С 1997 года и по настоящее время директором школы является Дзенган Василий Васильевич. Он всей душой переживает за участь школы, которую окончил в 1979 году. На 105-летие учебного заведения за высокие трудовые заслуги был награждён Орденом Почёта.
Долгое время молдавская средняя школа была единственной не только в городе, но и в районе. При школе функционировал интернат для учащихся из сельской местности.
Располагалась в центе города по улице Ленина, 146 до 1966 года. Сейчас там находится военный комиссариат города Дубоссары.
С 1966 года по 1989 школа находилась по адресу Шикунова 1, после чего была перемещена на Свердлова 9, в одном здании с русской школой № 1. В 2008 году школа вновь получила свой прежний адрес Шикунова 1.
Гордостью молдавской 3-й школы являются музей и Центр молдавской культуры. В них собраны богатейшие материалы об истории родного края, учебного заведения, обычаев и традиций молдавского народа.
Визитной карточкой школы является этнопарк, в котором есть пруд с водопадом. Над его созданием, в течение нескольких лет, трудился весь коллектив.
Стены этой школы за все годы выпустили множество талантливых людей, среди которых такие известные всему Приднестровью люди как: Попов Г.В. – Заслуженный работник культуры, кавалер Ордена «Трудовая слава», композитор, автор многих музыкальных патриотических произведений о Приднестровье, работник школы, Завтур Александр Андреевич – советский философ, доктор философских наук, профессор, член-корреспондент АН МССР. Мошняга Т.В. – Заслуженный врач МССР, Народный врач СССР, доктор наук. Все они упомянуты в Энциклопедии ПМР.
Баркарь Гавриил Михайлович Заслуженный артист МССР, упомянут в энциклопедии советского искусства.
За эти годы школа прошла длинный и достойный путь становления и развития, в её истории много славных страниц и ярких имён. Сегодня учебное заведение бережно хранит в первозданном виде быт, язык, культуру и традиции молдаван.
