25 марта 1566 года Сейм (сословно-представительный орган, принимающий участие в управлении государством и составлении законов – своеобразный прообраз современного парламента) Великого княжества Литовского в Вильне (современный Вильнюс) постановил о новом административно-территориальном делении страны, что предполагало создание новых воеводств и уездов. На основании данного постановления, уже существовавшие Винницкое и Брацлавское воеводства были объединены в новое воеводство, первоначальное название которого — Брацлавское и Винницкое, вскоре сократили до Брацлавского. В его состав вошли и северные земли современного Приднестровья.
Первым брацлавским воеводой стал князь Роман Сангушко, назначенный 30 марта 1566 года привилегией великого князя литовского Сигизмунда Августа. Как писал о нём Сигизмунд Август «бывая много раз в великих битвах, мужественно против неприятеля нашего боролся, не щадил здоровья с проливанием крови своей, делал то, что истинному и верному рыцарю и роду княжескому надлежало делать». Именно воевода отвечал за укрепление замков, призванных обезопасить воеводство от набегов крымских татар, а также следил за соблюдением порядка на всей территории Брацлавского воеводства. Первым брацловским кастеляном стал князь Енджей Капуста.
В 1569 году Великое княжество Литовское и Польское королевство после заключения Люблинской унии объединились в единое федеративное государство, вошедшее в историю как Речь Посполитая. Уже в марте 1569 года польский король и одновременно великий князь литовский Сигизмунд Август Ягеллон издал универсал, по которому Брацлавское воеводство, так же, как и Подляское и Волынские воеводства и Киев, отходили от Великого княжества Литовского к Польше. После того как в мае того же года польский сейм утвердил универсал короля, Роман Сангушко принёс присягу Польской короне, как брацлавский воевода, и стал сенатором верхней палаты польского сейма.
В 1570 году специальная королевская комиссия вновь определила границы Брацлавского воеводства, которые теперь на западе проходили по реке Мурафа, а на юго-востоке по Днестру.
Официальной столицей воеводства являлся Брацлав, но местные воеводы также находились и в Виннице. Воеводство имело двух сенаторов – воеводу и брацлавского кастеляна, а в Сейме Речи Посполитой его представляли шесть депутатов. Были в воеводстве и свои пограничные судьи, которые вместе с официальными лицами Османской Империи и Крымского ханства участвовали в разрешении споров между подданными разных держав.
В конце 16 века большую часть воеводства всё ещё составляли малолюдные земли. Хозяйственная жизнь сосредотачивалась в основном непосредственно возле королевских замков. Основным занятием населения было земледелие. Крестьяне выращивали хлеб, гречиху, просо, лён, коноплю. Польские феодалы, стремясь соответствовать требованиям развивающегося рынка, создавали крупные зерновые хозяйства – фольварки, отбирая для них земли у крестьянских общин. Набирал силу и процесс постепенного закрепощения крестьян – через жалованные королевские грамоты, решения сеймов и другие государственные акты. В Подолии и Верхнем Приднестровье большая часть земель принадлежала магнатам из рода Конецпольских. К середине 17 века они владели 740 сёлами и 170 городками. В средней части Приднестровья феодальные фольварки почти не встречались. Здесь преобладало хозяйство крестьян-общинников и казаков, объединённых в сотни и полки. Поселенцы постепенно осваивали пустующие земли, даже вдоль опасной южной границы с татарскими ордами и Османской Портой, где они оставались свободными от крепостной зависимости, хотя и подвергались риску стать жертвой набегов степняков. В 1598 году все суды и сеймики воеводства были перенесены из Брацлава в Винницу, которая и стала считаться новой столицей.
